جاء تصميم شعار الجامعة ليعكس هويتها المؤسسية وارتباطها العميق بمدينة طرابلس، حيث يتضمن رمزين بارزين من معالمها التاريخية هما السرايا الحمراء ومئذنة جامع الناقة. يجسّد هذان الرمزان أصالة المدينة ومكانتها العلمية والحضارية عبر العصور، ويمثلان في الوقت ذاته الامتداد بين التراث والمعرفة، وبين العراقة والتجديد. تم تنفيذ التصميم بأسلوب حديث يوحّد بين الرموز المعمارية التراثية واللمسات العصرية، ليعبر عن رسالة الجامعة في الجمع بين الأصالة والابتكار، وترسيخ قيم العلم والنور والريادة في نشر العلوم الشرعية والمعارف الإنسانية.